INTRODUÇÃO: A tuberculose permanece um problema de saúde pública mundial. OBJETIVO: Avaliar um sistema de diagnóstico automatizado de tuberculose, comparando-o com baciloscopia e cultura em meio de Lowenstein-Jensen. MÉTODO: Estudo comparativo entre os resultados obtidos no sistema automatizado, baciloscopia do escarro e em meio de Lowenstein-Jensen, em 844 amostras de escarro de setembro a dezembro de 1999, em centro de referência para tuberculose em São Paulo (SP). RESULTADOS: Das 844 amostras, 27,1% mostraram-se positivas para bacilo álcool-acidorresistente e 72,9% negativas. Nos cultivos em Lowenstein-Jensen, 34,7% foram positivas e 63% negativas; no sistema automatizado, 37,1% foram positivas e 56,9% negativas. Observou-se sensibilidade de 98,1% e 91.9% no sistema automatizado e no Lowenstein-Jensen, respectivamente. A especificidade e o valor preditivo positivo foram de 100% nos dois métodos. O valor preditivo negativo foi de 98,9% no sistema automatizado e de 95,5% no Lowenstein-Jensen. A acurácia foi de 99,3% no sistema automatizado e 97% no Lowenstein-Jensen e o Kappa de 0,99 no sistema automatizado e 0,94 no Lowenstein-Jensen. O tempo médio de detecção das micobactérias no sistema automatizado (10,5 dias) apresentou diferença estatística significativa quando comparado com o método de Lowenstein-Jensen (34,7 dias). CONCLUSÃO: O rendimento da cultura com o sistema automatizado apresentou diferença estatística significativa quando comparado com o meio de Lowenstein-Jensen. O tempo médio de detecção das micobactérias foi significativamente reduzido no sistema automatizado. O rendimento do sistema automatizado justifica sua utilização em unidade de referência ambulatorial para a tuberculose em São Paulo.

BACKGROUND: Tuberculosis continues to be a global health problem. OBJECTIVE: To evaluate an automated system designed to diagnose tuberculosis, comparing it to sputum microscopy and culture in Löwenstein-Jensen medium. METHOD: A comparative study using 844 sputum samples, collected between September and December of 1999 at a reference center for tuberculosis in São Paulo, Brazil, to draw distinctions between the results obtained through the use of the automated system and those obtained through sputum microscopy and culture in Löwenstein-Jensen medium. RESULTS: Of the 844 samples evaluated, 27.1% tested positive for acid-fast bacilli, and 72.9% tested negative. In Löwenstein-Jensen culture, 34.7% were positive and 63% were negative, compared with 37.1% positivity and 56.9% negativity using the automated system. Sensitivity was 98.1% for the automated system and 91.9% for Löwenstein-Jensen culture. Specificity and positive predictive value were 100% for both methods. Negative predictive value was 98.9% for the automated system and 95.5% for Löwenstein-Jensen culture. The degree of accuracy was 99.3% for the automated system and 97% for Löwenstein-Jensen culture, and the Kappa was 0.99 for the automated system and 0.94 for Löwenstein-Jensen culture. The difference between the mean time to detection of mycobacteria using the automated system (10.5 days) and that found using Löwenstein-Jensen culture (34.7 days) was statistically significant. CONCLUSION: The difference between the culture yield obtained using the automated system and that achieved with Löwenstein-Jensen culture was statistically significant. Mean time to detection of mycobacteria was significantly shorter with the automated system. The higher yield provided by this new system justifies its use in a reference center for tuberculosis in São Paulo

INTRODUÇÃO: O aparecimento da co-infecção tuberculose/síndrome da imunodeficiência adquirida, o aumento de doenças por micobactérias não tuberculosas e as confusões que estas podem ter com as emergentes cepas multirresistentes exigem respostas laboratoriais mais rápidas e de melhor rendimento, não só com isolamento das micobactérias, mas também com a sua identificação. OBJETIVO: Estudo comparativo entre uma nova ferramenta de identificação molecular com sonda genética baseada na unidade 16S do gene rDNA do Mycobacterium tuberculosis (Accuprobe Gen Probe®, Gen Probe Inc.) e a metodologia clássica. MÉTODO: Foram selecionados 55 isolados do gênero Mycobacterium, mantidos em bacterioteca, obtidos de escarros de pacientes de uma unidade de referência para tuberculose. Foram feitos repiques em três tubos: um destinado à identificação genética, outro para realização dos testes clássicos (produção e acumulação da niacina, e crescimento em meio de Lowenstein-Jensen com agentes inibidores - ácido p-nitrobenzóico e hidrazida do ácido tiofeno-2-carboxílico), e outro reserva. RESULTADOS: A sonda identificou 51 amostras do complexo M. tuberculosis (uma associada ao M. kansasii) e 4 como micobactérias não tuberculosas, posteriormente identificadas como M. kansasii (3) e M. avium (1). Os métodos tradicionais identificaram 47 amostras como do complexo M. tuberculosis, 4 com perfil de micobactérias não tuberculosas (concordante com o obtido pela sondagem genética) e 4 provas inconclusivas, uma delas exatamente a que associava duas espécies de micobactérias. CONCLUSÃO: Os benefícios da técnica de biologia molecular justificam sua implantação e uso rotineiro, associado aos métodos clássicos, numa unidade com alta demanda e que atenda casos de tuberculose de alta complexidade.

BACKGROUND: The appearance of tuberculosis/human immunodeficiency virus co-infection and the growing number of diseases caused by nontuberculous mycobacteria, as well as the confusion that these can cause in relation to emerging multidrug-resistant strains, require more accurate and rapid laboratory results, not only in the isolation of strains but also in their identification. OBJECTIVE: A comparative study evaluating a new tool of molecular identification, which uses a genetic probe based on the 16S rDNA sequence of the Mycobacterium tuberculosis gene (Gen-Probe Accuprobe® Gen Probe, Inc.), and the classic methodology. METHOD: Fifty-five Mycobacterium strains, isolated from the sputum of patients treated at a tuberculosis reference clinic, were selected for study. Subcultures were performed in three tubes: one submitted to genetic identification, one analyzed through classical tests (production and accumulation of niacin; growth in the Lowenstein-Jensen medium with the inhibitor agents p-nitrobenzoic acid and thiophene-2-carboxylic acid hydrazide added), and one held in reserve. RESULTS: The probe identified 51 cases as belonging to the M. tuberculosis complex (one associated with M. kansasii) and the other 4 as nontuberculous mycobacteria, later identified as M. kansasii (3) and M. avium (1). Using traditional methods, 47 samples were identified as belonging to the M. tuberculosis complex, 4 were classified as fitting the profile of nontuberculous mycobacteria (in agreement with the genetic probe results), and 4 were unidentified, 1 of which presented the exact characteristics that 2 mycobacterium species have in common. CONCLUSION: The benefits of the molecular biology technique justify its implementation and routine use, in combination with classical methods, in a high-traffic clinic where complex cases of tuberculosis are treated.

INTRODUÇÃO: O risco de desenvolvimento de carcinoma esofágico em portadores de megaesôfago é 33 vezes superior ao da população em geral. Possível explicação para este fenômeno poderia estar relacionada à produção de compostos N-nitrosos na luz do órgão, a partir da transformação de nitratos da dieta em nitritos, mediada por bactérias em suspensão no líquido de estase e com o contato crônico destes carcinógenos com a mucosa esofágica. OBJETIVO: Analisar a microbiota esofágica em pacientes portadores de megaesôfago de etiologia chagásica, com especial atenção para a presença de bactérias com capacidade de redução de nitratos. CASUÍSTICA: Foram estudados prospectivamente 15 pacientes portadores de megaesôfago chagásico com idades variando de 28 a 73 anos, sendo 9 do sexo feminino e 6 do sexo masculino, que foram divididos em 3 grupos iguais de 5, de acordo com o grau de dilatação do esôfago, segundo a classificação de Rezende et al. (Grau I, Grau II e Grau III). MÉTODO: A coleta do líquido de estase para estudo microbiológico era realizada através de sonda de Levine nº 14, que era passada pela boca, por dentro de uma cânula de intubação orotraqueal nº 7,5, mantendo-se sua extremidade escondida, a fim de evitar sua contaminação. RESULTADOS: Foram obtidas 93,3% de culturas positivas com grande variedade de microrganismos e predomínio de aeróbios Gram-positivos e anaeróbios. As concentrações de microrganismos foram tanto maiores, quanto maior o grau de dilatação do esôfago. Entre os microrganismos encontrados, o Staphylococcus sp, Corynebacterium sp, Peptostreptococcus sp e a Veillonella sp foram aqueles identificados como tendo a capacidade de redução de nitratos a nitritos. CONCLUSÃO: No megaesôfago chagásico há bactérias na luz do órgão com capacidade de redução de nitratos da dieta, passo importante na produção de compostos N-nitrosos.

BACKGROUND: The risk of development of spin cell carcinoma of the esophagus is 33 times higher in patients with chagasic achalasia. It is possible that the production of N-nitroso compounds in the esophageal lumen by of bacterial action in the stasis liquid that reduce nitrates from diet into nitrites may play a role in this process. AIM: To analyze qualitatively and quantitatively the microbiota in chagasic megaesophagus with special attention to bacteria capable of transforming nitto reduction. PATIENTS: Fifteen patients (six men and nine women) were prospectively studied, with ages varying from 28 to 73 years. Patients were divided into three sub-groups according to Rezende et al. classification of esophageal dilation (grade I, grade II and grade III). METHOD:The sample collection was performed using a method specially developed to avoid contamination with microorganisms of the oral cavity and oropharynx, using a Levine catheter nº 14 and a 7,5 oro-traqueal tube. RESULTS: Ninety three point three percent of the cultures were positive, with great bacterial variability and predominance of a variety of aerobic Gram-positive and anaerobic bacteria. The bacterial concentrations were generally more elevated in grade III in comparison to grade I and grade II. Among the microorganisms found, Staphylococcus sp, Corynebacterium sp, Peptostreptococcus sp e a Veillonella sp were those with the capability of nitrate reduction. CONCLUSION: It was concluded that patients with megaesophagus present some bacteria in the esophageal lumen that are able to reduce nitrates intro nitrites, an important step in the formation of N-nitroso compounds.

Dois protocolos de reação em cadeia da polimerase (PCR) apresentaram baixa sensibilidade (36% e 53%, respectivamente), para TB AMPLICOR e PCR aninhado baseado no gene MPB64), quando comparados aos métodos microbiológicos clássicos (73% e 54% respectivamente para baciloscopia e cultura), no diagnóstico de meningite tuberculosa em 91 pacientes do sudeste do Brasil. Somente três pacientes apresentaram PCR positiva e microbiologia negativa. A análise de amostras seqüenciais de líquor com a PCR aninhada detectou DNA de Mycobacterium tuberculosis até 29 dias após a introdução de tratamento.

Two polymerase chain reaction (PCR) protocols showed low sensitivity (36% and 53% for TB AMPLICOR and MPB64 nested PCR, respectively), when compared with classic microbiological methods (73% and 54% for Ziehl-Neelsen staining and culture, respectively), in the diagnosis of tuberculous meningitis in 91 patients in southeastern Brazil. Only three PCR-positive, microbiologically negative patients were found. Analysis of sequential cerebrospinal fluid samples by nested PCR detected Mycobacterium tuberculosis DNA up to 29 days after the introduction of antituberculosis chemotherapy.

Foram estudadas 30 cepas de Listeria monocytogenes isoladas a partir de diferentes alimentos (16 diferentes tipos de linguiça, 14 de queijo), adquiridos em supermercados da cidade de São Paulo. As cepas foram classificadas através da ribotipagem e analisadas quanto à presença e expressão do gene da hemolisina e à produção da enzima fosfolipase C fosfatidilinositol-específica PI-PLC. As cepas de L. monocytogenes foram diferenciadas em 6 ribotipos. As cepas do tipo I possuiam o mesmo perfil da amostra padrão de L.monocytogenes (ATCC 15313), sendo 13 (43,3%) das cepas estudadas correspondentes a ele. A atividade hemolítica foi observada em 29 (96,7%) das cepas, quando incubadas a 37°C em agar sangue, mas não a 4°C. O método da hibridização direta de colônias, utilizando sonda para hemolisina, revelou resultado positivo para todas as cepas. A PI-PLC foi produzida por 90% das amostras analisadas. Deste modo, foi possível concluir que não há relação entre os seis ribotipos de L. monocytogenes identificados nesse estudo e os fatores de virulência estudados (hemolisina e PI-PLC).

A total of 30 strains of Listeria monocytogenes isolated from different foods (16 of differents kinds of sausage, 14 cheese,) purchased at groceries of São Paulo City were ribotyped and analysed for the presence and expression of hemolysin gene and production of phosphatidylinositol-specific phosphalipase C - PI-PLC enzyme. The L. monocytogenes strains were differentiated into six ribotype classes. A total of 13 (43.3%) from these strains belong to the same ribotype (ribotype I), and was coincident to the ribotype of the standard L. monocytogenes prototype strain (ATCC-15313). The hemolytic activity was observed in 29 (96.7%) strains when incubated at 37oC, but not at 4oC. The direct colony hybridization method for hemolysin gene detection showed a positive reaction whit all the 30 L. monocytogenes strains, while showed negative reaction with other Listeria spp. The PI-PLC was produced by 27 (90%) of the strains analysed. There was no correlation between the six identified ribotypes and the virulence factors (hemolysin and PI-PLC) studied.